วิลเลี่ยม เอฟเฟอร์ เด็กหนุ่มแสนจืดจาง ที่มีความฝันอยากไขปริศนาในช่วงมัธยมปลาย และ แมท โคลลิ่ง เด็กสาวสายเกรียน ที่ก่อเรื่องเอาไว้มากมายที่เอาคุณครูทั้งโรงเรียนต่างกุมขมับกันถ้วนหน้า ทั้งคู่ต้องช่วยกันในการตามหาเด็กที่หายไปและไขปริศนาภายในโรงเรียน ที่จะนำไปสู่ปริศนาลับของแอนนาโปรเจกต์และความรักของพวกเขาทั้งคู่
______________________________________________________________________
แอนนาโปรเจกต์ คือสถานที่ที่เป็นเหมือนกับศูนย์กลาง ภายในนั้นจะมีโลกอยู่หลากหลายแบบ โลกบางโลกจะทำพันธะกันทำให้สามารถเชื่อมกันเป็น อดีต ปัจจุบัน และอนาคต แต่โลกย่อมมีสิ่งที่จำเป็นและไม่จำเป็น แอนนาโปรเจต์จึงมีหน้าที่ในการเก็บสิ่งที่ไม่จำเป็นต่อโลกของแต่ละโลกและบางครั้งโลกก็จะแลกเปลี่ยนสิ่งที่จำเป็นต่อกันและกัน คล้ายกับพันธะไอออนิก
______________________________________________________________________
พวกเราต่างเข้าใจผิดกันมาตลอด อดีตไม่ได้ส่งผลต่ออนาคตเพียงอย่างเดียวแต่อนาคตก็จะส่งผลต่ออดีตด้วยเช่นกัน มีบางอย่างกำลังเกิดขึ้น มันกำลังเปลี่ยนแปลงไป มันไม่ควรจะเป็นแบบนี้ ฉันต้องหยุดมัน ต้องทำให้มันกลับไปเป็นแบบเดิม อะไรจะเกิดมันก็ต้องเกิด โลกได้กำหนดมันเอาไว้แล้ว
จาก วิลเลี่ยม เอฟเฟอร์ ปี2041
(เรื่องนี้ถึงจะชื่อว่าภาค3 แต่เนื้อเรื่องไม่ได้เชื่อมโยงกับภาคอื่นๆ เลยแม้แต่น้อย)